אופציונלי אבחון מכשירים רפואיים - תלוי בתוצאות ההיסטוריה, בדיקה גופנית, אבחון מעבדה, וחובה אבחון מכשירים רפואיים - לבירור אבחנתי דיפרנציאלי.
- פרוקטוסקופיה (אנדוסקופיה של התחתון לאמצע חַלחוֹלֶת; ביופסיה (דגימת רקמה)) - אם קרצינומה אנאלית יש חשד הערה: מכיוון שקרצינומה אנאלית מתפתחת לעיתים קרובות על רצפת AIN (neoplasia intraepithelial anal), שיטות מכתים בתמיסה של לוגול (יוד פתרון) 5% או עם 3% חומצה אצטית פתרון יכול להיות מועיל.
- הדמיית תהודה מגנטית (MRI) של האגן - להכנה פנימית קרצינומה אנאלית.
- טומוגרפיה ממוחשבת (CT) של בית החזה והבטן - לביצוע קרצינומה אנאלית.
- קולונוסקופיה (קולונוסקופיה) - להוצאת גידולים משניים בקרצינומה אנאלית.