דוגמאות למחלות הנכללות בגדר ניתוחי ילדים הן
- מומים במערכת השלד (כגון אצבעות או אצבעות עליות, כף רגל, חזה משפך) ובאזור הראש (למשל שפה וחך שסועים);
- שברים ונקעים בעצמות (למשל של פיקת הברך);
- כוויות וכוויות כימיות;
- פציעות ראש ועמוד השדרה;
- הפרעות ומומים במערכת העצבים המרכזית (למשל הידרוצפלוס, שדרה ביפידה = "גב פתוח");
- חבלות וקרעים באזור האיברים הפנימיים (כגון טחול, כבד, קיבה, ריאות);
- גידולים שפירים וממאירים (למשל ספוגי דם, סרקומה של יואינג, גידול של ווילמס);
- מחלות של בלוטת התריס ובלוטות יותרת הכליה;
- מחלות, הפרעות ומומים של מערכת העיכול (למשל צהבת, פוליפים במעי, גופים זרים שנבלעו);
- מחלות, פציעות ומומים בדרכי השתן ובדרכי המין (כגון פגיעה בשלפוחית השתן, פימוזיס, פיתול אשכים, מומים ברחם);
- הפרעות תפקודיות של דרכי השתן (למשל הרטבת לילה);
- בקע (למשל בקע מפשעתי), מומי טבור, פגמים בדופן הבטן, הפרעות סרעפת;