להלן המחלות או הסיבוכים החשובים ביותר שעשויים לתרום כתוצאה מאפידמיה של קרטוקונונקטיביטיס:
עיניים ותוספות עיניים (H00-H59).
- זיהום-על חיידקי
- קרטיטיס (דלקת בקרנית)
- Keratoconjunctivitis superficialis punctata עם מומים באפיתל.
- מסתננים בקרנית (תת-אפיתל)
- הפחתת חדות הראייה (הפחתה בחדות הראייה) - חיסויים (חדירות קטנות בצורת מטבע בסטרומה הקרנית השטחית) עשויים להימשך (ובכך להגביל את חדות הראייה בעין המושפעת בעיקר)