אזורי טיפול טיפוסיים בגסטרואנטרולוגיה כוללים:
- מחלת ריפלוקס
- כיב קיבה
- שחמת הכבד
- צהבת (למשל בהפטיטיס)
- מחלות מעי דלקתיות כרוניות (קוליטיס כיבית, מחלת קרוהן)
- הפרעות תפקודיות של מערכת העיכול (כגון קיבה רגועה, מעי רגיז)
- סרטן של מערכת העיכול (כגון סרטן הקיבה, סרטן המעי הגס)
כדי לאבחן מחלות כאלה, הגסטרואנטרולוג משתמש בשיטות בדיקה שונות. אלה כוללים, מעל לכל, בדיקת אולטרסאונד של חלל הבטן וכן פרוצדורות אנדוסקופיות כגון גסטרוסקופיה (גסטרוסקופיה), קולונוסקופיה (קולונוסקופיה) ולפרוסקופיה (לפרוסקופיה). הליכים קלים יכולים להתבצע גם במהלך אנדוסקופיה במידת הצורך. לדוגמה, הגסטרואנטרולוג יכול לקחת דגימות רקמה (ביופסיה), להסיר פוליפים במעי או להרחיב דרכי מרה צרות.
