מחסור חמור בוויטמין B6 הוא נדיר.
מחקרים הראו כי תיאמין נחוץ לחילוף חומרים ותפקוד תקין של ויטמין B6. לכן, אלכוהוליסטים המחסרים גם בתיאמין בגלל צריכה תזונתית נמוכה נמצאים בסיכון הגבוה ביותר לסבול גם מההשפעה של מחסור בוויטמין B6.
מחקרים מסוימים תיעדו אלקטרואנצפלוגרמות חריגות (EEG) במחסור בוויטמין B6. תסמינים נוירולוגיים נוספים המופיעים עם מחסור חמור הם עצבנות, דכאון, ובלבול. תסמינים נוספים כוללים גלוסיטיס (דלקת של לשון), פצעים או כיבים ב פה, וראגדות (סדקים וכיבים) בזוויות הפה.
