במספר מחקרים נבדקה צריכת מינונים גבוהים של פרוביוטיקה לאורך תקופה ארוכה.
| עד כה לא זוהו תופעות לוואי עם בליעה פרוביוטית. גם במינונים המקבילים ל -1,000 פעמים מהצריכה הרגילה לא זוהו קשר בין זיהומים שהתרחשו לבין צריכת פרוביוטיקה. |
המכון הפדרלי לצרכן בְּרִיאוּת הגנה ורפואה וטרינרית (BGVV) פרסמה גם הצהרה על הערכת הבריאות של זני חיידקים מבודדים כמזונות פרוביוטיים מרוכזים /תוספי מזון. על פי ה- BGVV, הסיווג כ"בטוח "או" לא בטוח "עבור רבים חומצה לקטית בקטריה תלוי במערך הגנטי המסוים של הזן המדובר ולכן לא ניתן לייחס אותו למין בכללותו.
