חסר ויטמין B12 מוביל לבעיות הקליניות הבאות: חיוורון, עייפות, סחרחורת, ו לֵב כשל המופעל על ידי מגלובלסטיקה אנמיה. זֶה אנמיה (אנמיה) נגרמת על ידי הפרעה ביצירת אריתרוציטים (אָדוֹם דם תאים).
תסמינים נוירולוגיים כמו חוסר רגישות, חוסר יציבות בהליכה, נטייה ליפול בחושך, והפרעות ברגישות לעומק ובשיתוק. נַפשִׁי בריאות תסמינים והפיכים דמנציה עלול להתרחש גם.
תסמינים אלה יכולים להופיע גם בהיעדר מוחלט של דם לספור חריגות, כך שאבחון אינו יכול להסתמך על ממצאי נורמלי ספירת דם. שיבוש בצמיחת תאי אפיתל גורם לדלקת ואדמומיות של לשון, פיצוח פינות פה, אובדן תיאבון, וירידה במשקל.
