כונדרואיטין סולפט (CS) מסווג כחבר בגליקוזאמינוגליקנים (GAG), הידועים גם בשם מוקופוליסכרידים, שהם שרשראות צד פחמימות המהוות מרכיבים חיוניים של פרוטאוגליקנים. כל הגליקוזאמינוגליקנים מורכבים מיחידות דו-סוכר של 1,4-גליקוזידיים. במקרה של כונדרויטין, חומצה גופרתית נקשר באופן קבוע ל חמצן or חנקן אטומים, כך שהם בדרך כלל מגיבים חומצי חזק. כונדרויטין סולפטים A ו- C מורכבים מחומצה גלוקורונית ו- N-acetyl-D-galactosamine. כונדרואיטין סולפט למבנה B יש מבנה דומה. זה ידוע בשם dermatan sulfate או beta-הפרין מחומצה L-iduronic ו- NAG-4-sulfate.
מצד אחד, כונדרויטין סולפט נכנס לגוף דרך אוכל. הוא נמצא בבשר ובעלי חיים ימיים, במיוחד במולים וצדפות. מצד שני, הגליקוזאמינוגליקן יכול להיווצר בגוף עצמו. סינתזה אנדוגנית דורשת גלוקוזאמין סולפט, המצע המועדף לביוסינתזה של גליקוזאמינוגליקן. כונדרויטין סולפטים, כפרוטאוגליקנים מן החי, משולבים במידה רבה ב סָחוּס רקמות וכך מייצגים את המרכיבים הבין תאיים העיקריים של רקמת חיבור, סָחוּס ועצם. עם זאת, ניתן למצוא אותם גם ב עור וריר הגוף.
טכנית, כונדרויטין סולפטים היו מתקבלים בעבר מכריש סָחוּס, ובהמשך גם מקנה טרחת חזירית בהתאמה.
