ישנם רב מחלות זיהומיות שיכול להיגרם על ידי פנאומוקוקוס. הראשים מבין אלה הם:
מערכת הנשימה (J00-J99)
- דלקת ריאות (דלקת ריאות)
- ריוזינוסיטיס - דלקת באף וסינוסים.
- דַלֶקֶת הַגַת (דלקת של סינוסים פרנסליים).
- טרכאוברונכיטיס - דלקת בקנה הנשימה ובסמפונות.
נספחי עיניים ועיניים (H00-H59).
- כיב נחש קרנית (כיב בקרנית).
מערכת לב וכלי דם (I00-I99)
- דַלֶקֶת פְּנִים הַלֵב דלקת בקיר הפנימי של לֵב).
- דלקת קרום הלב (דלקת בקרום הלב)
פֶּה, הוושט (הוושט), בטןומעיים (K00-K67; K90-K93).
- דלקת התוספתן ("דַלֶקֶת הַתוֹסֶפתָן").
- דלקת הצפק ("דלקת בצפק")
אוזניים - תהליך מסטואידי (H60-H95)
- דלקת הזיז הפטמתי (דלקת בתהליך המסטואידי).
- דלקת אוזניים (דלקת באוזן התיכונה)
נפש - מערכת עצבים (F00-F99; G00-G99)
מערכת גניטורינארית (כליות, דרכי שתן - איברי רבייה) (N00-N99).
באופן דיפרנציאלי, ניתן לשקול גם זיהומים חיידקיים ויראליים אחרים:
- פתוגנים חיידקיים
- כלמידיה
- אינפלואנזה המופילוס
- מורקסלה קתארליס
- מיקופלזמה
- פתוגנים נגיפיים
- אדנוווירוסים
- וירוסים אנושיים (OC43, 229E)
- נגיפי שפעת
- Paramyxoviruses (וירוס W. W. RS)
- פיקורנווירוסים (במיוחד רינווירוסים).