פרוגנוזה
בדרך כלל, ניתן לטפל בהצלחה בפיסטולות מעיים באמצעות ניתוח. פיסטולות שהתפתחו במהלך דלקת בדרך כלל נרפאות טוב מאוד לאחר הסרת הגורם לדלקת. במקרים נדירים, לעומת זאת, מעי פיסטולה יכול להימשך מספר שנים למרות ניסיונות טיפול או להישנות במחלות כרוניות כגון מחלת קרוהן.
