להלן המחלות או הסיבוכים החשובים ביותר שעשויים לתרום ממחלת כף היד והפה (HFMD):
עור ותת עורית (L00-L99).
- אוניקוליזה (ניתוק חלקי של צלחת הציפורן ממיטת הציפורן) או אוניצ'ומדסיס (ניתוק מוחלט של צלחת הציפורן ממיטת הציפורן) - במהלך לא טיפוסי: אובדן ציפורניים ציפורניים (בדרך כלל תוך ארבעה שבועות לאחר ההדבקה).
נפש - מערכת העצבים (F00-F99; G00-G99).
- דלקת קרום המוח (דלקת במוח), אספטי (נדיר מאוד).
- דַלֶקֶת קְרוֹם הַמוֹחַ (דלקת קרום המוח), אספטי (נדיר מאוד).
- פרזיס (שיתוק), דמוי פוליו.
