להלן ההפרעות או הסיבוכים החשובים ביותר העשויים להתרחש יחד עם אוטיזם:
נפש - מערכת עצבים (F00-F99; G00-G99).
- הפרעת חרדה
- הפרעה דו קוטבית (מחלה מאנית-דיכאונית).
- דכאון
- אֶפִּילֶפּסִיָה
- אינטליגנציה מופחתת - מתרחשת במקביל ב-50-75% מהמקרים.
- הפרעה אובססיבית כפייתית
עוד
- פגיעה בהתנהגות חברתית עקב כישורי תקשורת חברתית לקויים.
- התנהגות עבריינית אצל אנשים עם תסמונת אספרגר (2.74-26%) [הנחיה S3].