התוויות נגד
דוקסיציקלין אין ליטול במקרים חמורים כבד תפקוד לקוי, תגובות רגישות יתר או אי ספיקת כליות ידועה. דוקסיציקלין אסור להשתמש במהלך הֵרָיוֹן או בזמן הנקה, החל מהחודש הרביעי להריון דוקסיציקלין עלול להוביל לשינוי צבע בלתי הפיך בשיניים, אמייל מומים ועיכוב בצמיחת העצם בעובר. בנוסף, קיים סיכון מוגבר ל כבד נזק אם דוקסיציקלין משמש במהלך הֵרָיוֹן. בילדים אין להשתמש בדוקסיציקלין לאחר גיל 12 בגלל הסיכונים שתוארו לעיל.
אינטראקציות
דוקסיציקלין יכול לקיים אינטראקציה עם יוני מתכת רב-ערכיים. אם הוא קשור לאלה, ספיגת המעי של דוקסיציקלין מצטמצמת. מסיבה זו, חלב (חזק סידן אסור לצרוך במהלך הטיפול בדוקסיציקלין, מכיוון שאחרת יעילות האנטיביוטיקה תושפע מאוד. תצפיות הראו כי הפסקה של שעתיים בין צריכת הדוקסיציקלין לצריכת חלב מספיקה בכדי להבטיח יעילות טובה של התרופה.
