להלן המחלות או הסיבוכים החשובים ביותר שעשויים לתרום להם שפעת המופילוס:
מערכת הנשימה (J00-J99)
- ברונכיטיס
- Epiglottitis (epiglottitis; שם נרדף: laryngitis supraglottica) - דלקת חריפה, מוגלתית של האפיגלוטיס, המופיעה כמעט אך ורק אצל ילדים צעירים, כתוצאה מזיהום עם המופילוס שפעת; מוביל למוות תוך 24-48 שעות אם לא מטפלים בו!
- דלקת ריאות (דלקת ריאות)
- סינוסיטיס (סינוסיטיס)
נספחי עיניים ועיניים (H00-H59).
- דַלֶקֶת הַלַחמִית (דַלֶקֶת הַלַחמִית).
מחלות זיהומיות וטפיליות (A00-B99).
- אלח דם (הרעלת דם)
אוזניים - תהליך מסטואידי (H60-H95)
- דלקת אוזניים (דלקת באוזן התיכונה)
נפש - מערכת עצבים (F00-F99; G00-G99)
- דַלֶקֶת קְרוֹם הַמוֹחַ (דַלֶקֶת קְרוֹם הַמוֹחַ).