התסמינים והתלונות הבאים עשויים להצביע על דלקת המוח היפנית:
- מָתוּן שַׁפַעַתכמו מחלה - ברוב המקרים.
דלקת קרום המוח* (שכיחות: 1 מכל 250 זיהומים).
- בערך בכל מקרה 250 של זיהום.
- גָבוֹהַ חום, בדרך כלל 10 ימים.
- תחושת מחלה כללית
- קפלגיה (כאב ראש)
- בחילות (בחילות) / הקאות
- הפרעה בתודעה
- התקפים
- הפרעות רפלקס
- בִּלבּוּל
- שינויים התנהגותיים
- רעד (רועד)
- פרזיס (שיתוק מוטורי)
- הפרעות בהליכה
- תרדמת
* משולב דלקת במוח (דלקת קרום המוח) ו קרום (דלקת קרום המוח) הקטלניות (תמותה ביחס למספר האנשים הסובלים מהמחלה) במעורבות CNS היא 30-35%. ילדים וקשישים נוטים יותר לחלות במחלה בצורה קשה יותר.