האבחנה של א ציסטה רדיקולרית נעשית בדרך כלל על בסיס היסטוריה ובדיקה קלינית וצילומי רנטגן בלבד.
עד גודל של כ 0.5 ס"מ, ניתן להבחין בין ציסטות רדיקולריות לבין גרנולומות שורש רק באמצעות היסטולוגיה (בדיקת רקמות עדינות).
לאישור האבחנה הסמויה במקרה של אי ודאות באבחון או ציסטה רדיקולרית שקשה לטפל בה - פרמטרים מעבדה מסדר שני:
- היסטולוגיה
- מפוח ציסטה המורכב משלוש שכבות
- רירית פנימית של אפיתל קשקשי דו-תלת-שכבתי ולא-קרטיניזציה
- אזור תת-אפיתל של המסתנן הדלקתי.
- כמוסת רקמת חיבור עשירה בסיבי קולגן
- לומן של ציסטה בדרך כלל חד-צידי
- מפוח ציסטה המורכב משלוש שכבות