כי מלטונין מטבוליזם בעיקר על ידי CYP1A אנזימים, זה עשוי לקיים אינטראקציה עם תרופות שעוברים גם הם מטבוליזם על ידי CYP1A או מעכבים אותם.
מעכבי CYP1A כוללים אסטרוגנים בצורה של אמצעי מניעה ו טיפול הורמונלי (HER) או נגד דיכאון פלובוקסמין. שימוש סימולטני ב מלטונין עם מעכבי CYP1A גורם לעודף מלטונין. ניקוטין התעללות, מצידה, מפחיתה מלטונין רמות.
